河南大学基础医学院的前身是开封内地会福音医院护士学校，成立于1929年。解放前20年间，学校几经变迁更名。
1949年解放后，学校被开封地区人民政府接收而易名为开封地区人民医院护士学校，其后直到文化大革命前，曾先后更名为：河南省人民医院高级护士职业学校、河南省卫生厅护士学校开封分校、河南省开封第一护士学校、河南省第一护士学校、河南省郑州卫生学校、河南省郑州第一卫生学校、河南省医药专科学校、开封医药专科学校、河南省开封卫生学校。这期间学校从中专升为大专，又改制为中专，办学地点从开封到郑州，又回到开封。 1969年元月，我院前身开封市卫校被撤消。
1973年9月开封地区卫生学校恢复，1978年开封地区卫校恢复为大专，定名为“开封医学专科学校”。1992年校名被规范为“开封医学高等专科学校”。 2000年6月，开封医学高等专科学校与河南大学、开封师范高等专科学校合并成立新的河南大学。在原开封医学高等专科学校的基础上成立河南大学医学院。2001年河南大学医学院机构调整，分别成立医学院、药学院、护理学院。我院由基础部、医疗系、检验系、口腔系、影像系和麻醉系组合而成。2005年医疗五系被分流到两个临床学院。本院负责基础医学教学、科研及基础阶段的本科学生管理工作、基础和临床硕士研究生的管理工作。
2016年10月26日，河南大学新的医学院成立，本院更名为：河南大学基础医学院。目前河南大学基础医学院承担临床医学专业、口腔医学专业基础阶段教学任务，同时承担药学院、护理学院、民生学院相关专业的医学基础课程教学任务。
河南大学基础医学院的历史是中国高等教育发展史的一个缩影。 2000年三校合并是我院发展中的重要里程碑，从此，河南大学基础医学院在教学、科研和学科建设方面取得了巨大的跨越式发展。
